«Произвольный отчет» - это отчет с фиксированным макетом. Можно в пользовательском режиме нарисовать макет отчета, как в Excel, заполнить каждую ячейку определенным элементом данных, формулой или параметром. В нем нельзя сократить пустые строки или выводить только статьи с оборотами, зато он очень гибкий в настройке и позволяет задать практически любой вид, добавить расшифровки к ячейкам, использовать простые формулы (аналог ЕСЛИ), хранить и сопоставлять экземпляры отчетов.
Напротив, «Универсальный отчет по источникам данных» не имеет фиксированного макета. То какие данные он формирует, полностью зависит от источника данных и от схемы компоновки данных, которые заданы в "Настройке отчетов". Не требуется задавать каждый элемент отчета, внешний вид формируется с помощью настройки СКД.